Die Stephanskirche thront zentral auf dem Stephansberg über dem Stadtgebiet. Nach der Legende hat die Heilige Kunigunde den Bau bezahlt, wie auch das Relief am Kaisergrab im Dom es erzählt. Im Jahr 1020 wurde sie von Papst Benedikt VIII. geweiht, der damals gerade in Bamberg weilte. Von diesem ersten Kirchenbau ist nichts mehr erhalten.
Der älteste Teil der jetzigen Kirche ist der Turm aus dem 13. Jahrhundert. Ein 1626 von Giovanni Bonalino mit dem Chor begonnener Neubau konnte wegen des Dreißigjährigen Krieges zunächst nicht vollendet werden. Erst 1677 konnte Antonio Petrini mit der Fortführung beauftragt werden. Ein Westflügel mit der beachtlichen, wenn auch nur von wenigen Stellen aus vollständig sichtbaren Fassade und ein Querhaus bilden mit dem Chor zusammen ein gleicharmiges Kreuz. Die Decke in der Mitte zeigt ein Stuckrelief, das das Martyrium des Stephanus (nach Apostelgeschichte 7) darstellt und 1688 von Johann Jakob Vogel geschaffen wurde.
1808 wurde die säkularisierte und eines Teils ihrer Ausstattung beraubte Kirche der evangelischen Gemeinde Bambergs zur Verfügung gestellt. Die Innenrenovierung von 1987 mit ihrer einheitlichen Weißfassung hat der Wirkung von Licht und Raum in der Stephanskirche gutgetan. 1985 wurden von dem Künstler Jürgen Goertz der heutige Mittelpunktsaltar sowie Taufstein und Ambo in die Kirche eingefügt. Weitere Kunstwerke von Walter Green, Rui Chafes und Brigitte Schwacke sind seitdem dazu gekommen.